Microsoft Puview のアイテム保持ポリシーで特定の SharePoint サイトに対して一定期間、コンテンツを保持するようにライフサイクル管理をしている場合、フォルダー内にファイルやサブフォルダーなどが含まれているとフォルダーごと削除できないという仕様になっていました。
ですが、2024年5月上旬から中旬にかけて新たなアップデートが展開されており、従来のように「空でないフォルダー」でも削除ができるようなりました。
OneDrive の同期アプリでドキュメント ライブラリをオフライン同期している場合でも、削除したフォルダーがユーザーに再表示されることはありません。