SharePoint Online では 2015年3月下旬からドキュメント ライブラリを新規に作成すると、既定でバージョン管理設定が有効になるように既定値が変わっています。
***2015/4/17 追記***
新規作成だけでなく、既存のドキュメント ライブラリも既定値のまま、メジャーバージョン管理を指定せずに使用していたものについてはバージョン管理が有効になっているようです。既にバージョン管理設定をしていたところに関しては、設定が自動的に上書きされるようなことはありません。
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現時点では下図の通りです。メジャーバージョン作成のみが有効になっており、500バージョン分保存する設定になっています。
弊社で利用している Office 365 テナントでは、2015年3月24日に情報が伝達されてきていますが、サポート技術文書は 2015年3月20日付で更新されているようです。
以上、参考まで。
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