SharePoint 2016 では、継続的クロールの停止が素早くできるようになっています。検索先のWebアプリケーションのURL変更をするには継続クロールはいったん無効化する必要があるのですが、無効化が実質上の継続的クロールの停止となります。

SharePoint 2013 までは停止にかなりの時間がかかっていたため、これは意外と助かります。