サイトのテンプレート化保存ができなくなるケースはこれまで、"発行インフラストラクチャー" 機能がアクティブになっている、もしくはかつてアクティブ化したことがある(今は非アクティブ)といったことが考えられます。

しかし、これだけでなく "サイトの削除" メニューがサイトの設定ページから消えてしまう事案が発生しました。同一サイトコレクション内はサブサイトも軒並み同じ状況です。

これは何事か? 

原因をあれこれ探っていると、昨年から使えるようになった "サイトコレクションのアプリカタログ" を利用できるように設定したからでした。

検証用に設定しておいたのをうっかり忘れていたのですが、「サイトの操作」セクションにどのサイトも「サイトの削除」さえ表示されないのは困りますね。

ということで、以下のコマンドを実行し、サイトコレクションのアプリカタログ機能を削除たら治りました。

ちなみに、このコマンドを実行しても、トップレベルサイトの "SharePoint用アプリ" 自体は消えないんですね。使えなくはなったみたいですが。

それから、試し忘れましたが、「サイトの操作」メニューからは"サイトの削除" リンクは消えていましたが、「サイトの管理」セクションの "サイトとワークスペース」(サイトのURL//_layouts/15/mngsubwebs.aspx) にはサブサイト一覧が表示されていたので、サブサイトは消せたかもしれません。検証したら追記しておきます。