Microsoft 365 管理センターにはメッセージセンターがあり、ここにMicrosoft から各テナントに対する通知が行われますが、メッセージ表示時に[閉じる]をうっかりクリックすると「消去済みメッセージ」となってしまいます。

メッセージを閉じるときは画面右上の×で閉じましょう。

また、定期的にうっかり削除していないか、「消去済みメッセージ」タブを見た方がよさそうです。

ここから各メッセージは「復元」できます。復元したいメッセージを選択すると「復元」メニューがコマンドバーに表示されます。